作為國內核苷（酸）類醫藥中間體研發和生產企業，公司一貫重視環境保護工作，持續投入資金進行環保升級改造，堅決執行“三同時”政策，堅持技術革新和設備升級，從源頭上減少污染物排放的同時下大力氣進行末端治理，不僅做到達標排放，同時力爭做到超低排放。
環保管理和執行
公司制定了較為完善的環境保護管理制度以及相關的檢驗規程和操作規程，并得到了有效的貫徹和執行。公司安全環保部下設環保處、污水處理站。環保處主要負責監督生產部門及輔助部門的日常環境保護（主要是大氣污染物）情況，落實新的環保政策、標準、文件以及市、縣各級主管部門通知的貫徹與實施。污水處理站主要負責公司生產污水、生活污水的收集、處理，進行全過程跟蹤化驗，并保證污水處理設施正常運轉、污水達標排放。
環保認證和榮譽
拓新藥業及其子公司新鄉制藥已按照相關法律法規要求取得了《排污許可證》。公司建立了環境管理體系，已通過ISO14001環境管理體系認證。2019年，新鄉市生態環境局根據《河南省企業事業單位環保信用評價管理辦法》對本公司及子公司新鄉制藥進行了考察評定，根據過往環境守法情況，認定本公司及子公司新鄉制藥均屬于環保誠信單位。同時，在河南省制藥行業綠色發展協會組織的2019年下半年河南省醫藥行業綠色發展調研評價活動中，本公司及子公司新鄉制藥分別位列行業第八名和第三名。
清潔生產審核驗收
2020年6月5日，河南省生態境廳在新鄉市主持召開了拓新藥業清潔生產審核驗收會，并形成《清潔生產審核驗收專家意見表》，確認通過實施各項清潔生產方案，公司取得了一定的環境、社會和經濟效益，確認公司清潔生產達到了國內先進水平；依據國家《清潔生產審核評估與驗收指南》，專家組認為拓新藥業本輪清潔生產審核驗收合格。
未來環保計劃
另外公司計劃繼續對廠區廢氣治理系統進行升級改造，在 RCO 與活性炭吸收裝置基礎上再增加一套增加RTO 裝置，進一步削減污染物的排放量；子公司新鄉制藥計劃搬遷至延津縣廠區進行生產，延津縣廠區有機廢氣擬采用前端多級處理+末端先進的 RTO 處理裝置，將極大的削減單位產品污染物的排放量。
